Tiek dabartinė, tiek Finansų ministerijos siūloma gyventojų pajamų mokesčio perskirstymo tarp savivaldybių sistemos yra ydingos, nes vertina tik pajamas iš gyventojų pajamų mokesčio ir neatsižvelgia į tai, kiek iš viso biudžeto pajamų atitenka vienam gyventojui. Todėl vienam Vilniaus, Kauno ir Klaipėdos gyventojui lieka mažiau biudžeto pajamų nei savivaldybėse, kurioms ši atimta dalis yra pervedama. Po tarpbiudžetinio GPM perskirstymo vienam vilniečiui lieka tik 640, kauniečiui – 740, klaipėdiečiui – 781 eurai (šalies vidurkis 812 eurų).
Kaip pabrėžia Žilvinas Šilėnas, neprotinga, kad savivaldybėse iš kurių atimama dalis GPM – Vilniaus, Kauno, Klaipėdos miestuose – vienam gyventojui lieka mažiau biudžeto pajamų nei savivaldybėse, kurioms ši atimta dalis yra pervedama. Be to, anot Ž. Šilėno, tai neteisinga tų savivaldybių atžvilgiu, kurios kuria darbo vietas, pritraukia investuotojus, surenka daugiau mokesčių.
Pasak LLRI prezidento Žilvino Šilėno, toks perskirstymas neišlygina skirtumų tarp savivaldybių. “Po perskirstymo vienam gyventojui tenkančios savivaldybės biudžeto pajamos išlieka pasiskirsčiusios labai netolygiai. Pavyzdžiui, nuo 552 eurų vienam gyventojui Kauno rajono savivaldybėje iki 980 eurų Pagėgių savivaldybėje ar netgi 2768 eurų Neringos savivaldybėje”.
LLRI siūlo mechanizmą, kuris būtų teisingesnis – neatlikti tarpbiudžetinio GPM perskirstymo tarp savivaldybių. Nauda būtų dviguba. Pirma, savivaldybės pajamos, tenkančios vienam gyventojui, pasiskirstytų taip pat ar net tolygiau nei dabar (pvz., vienas Neringos gyventojas gautų ne 2768 eurų, o 1997, Pagėgių – ne 956, o 815 eurų ir t.t.).
Antra, savivaldybėms, kurios pritraukia investuotojus, padeda kurti darbo vietas liktų daugiau lėšų. Todėl naudą pajustų netoli pusės šalies gyventojų – Vilniaus, Kauno ir Klaipėdos miesto savivaldybių gyventojai, juose atvykstantys ir gyvenantys studentai.
LLRI ragina Vyriausybę svarstant Savivaldybių biudžetų pajamų nustatymo metodikos įstatymo pakeitimo projektą nagrinėti gyventojų pajamų mokesčio neperskirstymo tarp savivaldybių alternatyvą.