2023 m. rugpjūčio 23-ąją Tvėrės srityje sudužo J. Prigožinui priklausęs lėktuvas „Embraer Legacy 600“. Tuomet į įvykio vietą buvo leidžiama patekti tik „valstybinei“ privačiai karinei bendrovei „Redut“ ir FSB agentams.
Dar po kelių dienų tyrėjai paskelbė apie analizuojamas juodąsias dėžes, tačiau kur jos vėliau dingo, kas jose buvo aptikta – įslaptinta informacija.
Rugpjūčio 29-ąją J. Prigožinas buvo be iškilmių palaidotas Porochovo kapinėse Sankt Peterburge, nors pagal taisykles Rusijos herojaus ordiną turėjęs asmuo turėjo būti laidojamas su oficialiomis iškilmėmis ir dalyvaujant aukščiausiems šalies vadovams.
Šeimai buvo išduotas keistas J. Prigožino mirties liudijimas, kuriame net nebuvo užpildyta informacija apie žuvusiojo tautybę, gimimo vietą ir pilietybę. Pati pažyma buvo parengta „remiantis pirminiais duomenimis“, o pasirašė ją asmuo pavarde Šatkovskis – dar 2019 m. uždarytų laidojimo namų „Rekviem“ buvęs direktorius.
Vaizdo įrašai iš lėktuvo įlaipinimo oro uoste taip ir nebuvo paviešinti. Lėktuvo katastrofos vietoje buvo netgi surinktas visas gruntas ir išvežtas nežinoma kryptimis.
2023-ųjų gruodį J. Prigožino šeimai per advokatus buvo pranešta, kad byla uždaryta, tačiau išvadų nepateikė. Tariamai žuvusiojo J. Prigožino dėl vaizdo bandė teisti, tačiau jam buvo grasinama ir rezultatų jokių tai nedavė.
Ukrainos strateginių komunikacijų centro ataskaitoje teigiama, kad J. Prigožiną nužudė V. Putinas, keršydamas dėl „Teisingumo maršo“, kurį surengė „Wagner“ vadas, metu patirto pažeminimo.
Bijodamas galimo J. Prigožino teismo atgarsių, dėl populiarumo visuomenėje, Kremliaus vadovas tariamai pasirinko tipinę, mafijai būdingą susidorojimą.
Pats V. Putinas viešai tikino, kad lėktuve tiesiog sprogo granata.
Nėra tiksliai žinoma, ar jis miręs
Dėl neviešinamų tyrimo duomenų ir menkai J. Prigožino žūties versiją patvirtinančių argumentų negalima užtikrintai teigti net ir to, kad jis iš tiesų miręs. Jau nekalbant apie teorijas, kas jį galėjo nužudyti.
Kartu su J. Prigožinu lėktuve tariamai buvo ir D. Utkinas – taip pat buvo vienas iš organizacijos vadų. Jo šaukinys „Wagner“ sutampa su visos struktūros pavadinimu. Jis anksčiau iš paties V. Putino rankų buvo apdovanotas medaliu dėl savo veiklos Ukrainoje 2014-aisiais.
Katastrofą patyrusiame lėktuve taip pat buvo ir kiti aukščiausio lygio „Wagner“ vadai. Žinant, kad J. Prigožinas iki tol skrupulingai laikėsi konspiracijos ir saugumo taisyklių – pavyzdžiui, niekada nekeliavo viena transporto priemone su kita organizacijos vadovybe – kyla klausimų, kodėl būtent to skrydžio metu buvo taip aplaidžiai žiūrima į saugumą.