Tarptautinėse organizacijose Lietuvai atstovauja įvairios valstybės institucijos, tačiau visuomenei pateikiama informacija ne apie visas tarptautines organizacijas ir Lietuvos dalyvavimą jų veikloje. Siekdama įvertinti, ar valstybės mastu valdomas atstovavimas Lietuvai tarptautinėse organizacijose, Valstybės kontrolė atliko auditą Užsienio reikalų ministerijoje, kuriai pavesta formuoti valstybės politiką ir kontroliuoti jos įgyvendinimą atstovavimo Lietuvai užsienyje, tarptautinių sutartinių santykių ir kitose užsienio politikos srityse. Duomenys buvo renkami Aplinkos, Ūkio ir Susisiekimo ministerijose, kurios atstovauja Lietuvai daugiausia tarptautinių organizacijų ir sumoka daugiausia narystės mokesčių.
„Nustatyta, kad Užsienio reikalų ministerija neturi tikslios ir išsamios informacijos, kokių tarptautinių organizacijų narė yra Lietuva, koks yra narystės jose tikslingumas ir kokia finansinių įsipareigojimų vykdymo tarptautinėms organizacijoms būklė“, – komentuodama audito rezultatus sakė valstybės kontrolierė Giedrė Švedienė.
Audito metu taip pat paaiškėjo, kad atstovavimo tarptautinių organizacijų veikloje koordinavimą valstybės mastu apsunkino ir tai, kad ne visada tinkamai buvo nustatoma, kokių tarptautinių organizacijų komitetų veikla Lietuvai yra prioritetinė. Be to, valstybės įstaigos sprendimų nedalyvauti Lietuvai prioritetiniuose tarptautinių organizacijų komitetų renginiuose priėmimo nederino nei su Užsienio reikalų ministerija, nei su Ministro Pirmininko tarnyba ir apie priimtus sprendimus jų neinformavo. Aplinkos, Ūkio, Susisiekimo ministerijų ir jų valdymo sričiai priskirtų valstybės įstaigų atstovai 2010–2012 m. nedalyvavo beveik pusėje (55 iš 121) renginių, kurie Ministro Pirmininko buvo patvirtinti kaip prioritetiniai.
Auditoriai atkreipia dėmesį, kad sprendimams, susijusiems su Lietuvos naryste tarptautinėse organizacijose, priimti reikalinga informacija: ar tikslai, dėl kurių Lietuva įstojo į tarptautines organizacijas, vis dar aktualūs, ar efektyviai išnaudojamos narystės suteikiamos galimybės. Nereglamentuota, kas, kokiu periodiškumu ir kaip valstybės mastu turėtų vertinti narystės tarptautinėse organizacijose tikslingumą, o valstybės įstaigų metinėse veiklos ataskaitose nėra išsamios informacijos apie atstovavimo tarptautinėse organizacijose, kurių narė yra Lietuva, rezultatus.
2012 m. tarptautinėms organizacijoms, kurių narė yra Lietuva (išskyrus Europos Sąjungą), iš viso buvo sumokėta 47,4 mln. Lt narystės mokesčių (iš jų 1 mln. Lt avansu, nors toks mokėjimas tarptautiniuose susitarimuose nebuvo numatytas) ir 5,9 mln. Lt savanoriškų įnašų. Lietuva 2012 metų pabaigoje tarptautinėms organizacijoms buvo skolinga 6,8 mln. Lt. Šalies narystės mokesčių tarptautinėms organizacijoms mokėjimas buvo decentralizuotas 2006 m., todėl neužtikrinama, kad būtų įvykdyti įsipareigojimai svarbiausioms tarptautinėms organizacijoms ir efektyviai panaudojamos valstybės biudžeto lėšos, skirtos narystės mokesčiams ir savanoriškiems įnašams tarptautinėms organizacijoms sumokėti.
Atlikusi auditą, Valstybės kontrolė pateikė Vyriausybei rekomendacijas, padėsiančias pasiekti, kad valstybės mastu būtų valdoma tiksli informacija, reikalinga sprendimams, susijusiems su Lietuvos naryste tarptautinėse organizacijose, priimti, ir koordinuojamas Lietuvos atstovų dalyvavimas tarptautinių organizacijų veikloje ir finansinių įsipareigojimų joms vykdymas.