Žengiamas dar vienas žingsnis įtvirtinant naują mokslo finansavimo ir valdymo modelį. Keičiama valstybinių mokslo institutų veiklos finansavimo tvarka siekiant, kad jų vykdomi tyrimai kuo geriau atitiktų valstybės ir visuomenės poreikius. Švietimo ir mokslo ministerija prašo ministerijų, kitų suinteresuotų institucijų iki kovo 31 dienos pateikti siūlymus dėl valstybinių mokslinių tyrimų institutų numatomų vykdyti mokslo tyrimų ir eksperimentinės (socialinės, kultūrinės) plėtros (MTEP) programų tematikų. Tematikas suformulavo institutai, remdamiesi jų nuostatuose nustatytomis mokslinės veiklos kryptimis. Siūlymai turi tilpti šiose Vyriausybės patvirtintose kryptyse.Švietimo ir mokslo ministro tvirtinamos ilgalaikės MTEP programos paskirtis – užtikrinti nuoseklius, kryptingus, turinčius ilgalaikį poveikį ir būtinus valstybės bei visuomenės aktualioms problemoms spręsti MTEP darbus, kuriems reikalingos kolektyvinės tyrėjų pastangos. Programas inicijuoja Valstybinis mokslinių tyrimų institutas. Programų trukmė – ne ilgesnė kaip 5 metai. Sėkmingai įvykdžius programą bei pagrindus tokių tyrimų ilgalaikį poreikį, ją bus galima pratęsti kitam laikotarpiui. Jei vykdant būtų įvertinta, kad MTEP programa neatlieka iškeltų uždavinių, ji būtų nutraukiama.
Kaip nustatyta Valstybinių mokslinių tyrimų institutų veiklos išorinio vertinimo tvarkoje, kurią kovo pradžioje patvirtino Vyriausybė, mokslo ir meno veiklos finansavimas susidės iš dviejų dalių: stabilaus, skiriamo ilgalaikėms programoms, ir priklausančio nuo rezultatų. Institutų vykdomos ilgalaikės programos yra remiamos iš biudžetinio finansavimo „eilutės“, o kitų lėšų dydis priklausys nuo atliktų darbų kokybės, dalyvavimo tarptautiniuose projektuose ir programose, bendradarbiavimo su ūkio subjektais.
Mokslo institutų MTEP ilgalaikes programas tvirtina švietimo ir mokslo ministras, atsižvelgdamas į Lietuvos mokslų tarybos pateiktus vertinimus ir pasitaręs su atitinkamomis ministerijomis.
Iki mokslo ir studijų reformos institutai savo programas tvirtindavosi patys, dėl to trūko atskaitomybės ir skaidrumo. Pasak švietimo ir mokslo viceministrės Nerijos Putinaitės, neretai buvo vykdomi išskaidyti, fragmentuoti moksliniai tyrimai, nebuvo susitelkta mokslinės jėgos proveržiui aiškiai įvardytose srityse. Valstybės institucijos bei visuomenė turėjo mažai įtakos institutuose atliekamų tyrimų tematikoms.
Mokslo ir studijų reforma padėjo pagrindus valstybinių mokslinių tyrimų institutų išoriniam vertinimui, kurio anksčiau nebuvo. Todėl kildavo abejonių dėl kai kurių tyrimų svarbos bei pagrįstumo.
Siekiant mokslinių tyrimų kokybės pastaraisiais metais įvykdyta valstybės mokslinių tyrimų įstaigų tinklo pertvarka. Iš 46 mokslinių tyrimų įstaigų, jas reorganizavus: prijungus prie universitetų, sujungus į atskirus mokslo centrus, suformuota 11 valstybinių mokslo tyrimų institutų.
