Tačiau, panašu, kad asmeninis gyvenimas „Vedęs ir turi vaikų“ žvaigždei nebuvo rožėmis klotas.
Krūties vėžys
2008-aisiais „People“ žurnalas pranešė, jog Applegate diagnozuotas krūtų vėžys. Kadangi jis diagnozuotas anksti, pirmoje stadijoje, buvo pranešta, kad grėsmės gyvybei nėra. Po kelių mėnesių Applegate paskelbė, jog ji nugalėjo vėžį. Aktorei buvo atlikta dviguba profilaktinė mastektomija, t. y. pašalintos abidvi krūtys. Atlikus šią operaciją, moteriai nereikėjo radioterapijos ar chemoterapijos.
2007-2009 metais aktorė atliko Samantos vaidmenį seriale „Kokia dar Samanta?". Krūties vėžys pakoregavo aktorės planus, bet moteris nenuleido rankų ir filmavosi toliau.
Tapo vegetarė
Aktorė buvo ištekėjusi kelis kartus. 2001 m. šeimyninį gyvenimą pradėjo su aktoriumi Johnathonu Schaechu, tačiau 2007-aisiais pora išsiskyrė. Praėjus keleriems metams moteris romaną užmezgė su muzikantu Martynu LeNoble. Jiedu susituokė 2013 m.
Applegate artimiausios žinomos draugės yra Jennifer Aniston, Cameron Diaz, Nicole Eggert, Gwyneth Paltrow, Robin Antin, Tori Spelling, Leah Remini bei Eva Longoria.
Nuo 15 metų Applegate yra vegetarė: jos apsisprendimas įvyko per vieną dieną, „Vedęs ir turi vaikų“ filmavimo pertraukėlės metu, kai jai buvo patiektas maistas, kuris pasirodė „su krauju“. Aktorę šis vaizdas paveikė, todėl ji nusprendė niekad daugiau nebevalgyti mėsos.