47 savivaldybėms auditoriai turėjo pastabų dėl apskaitos dalykų. Dažniausiai savivaldybės klydo sudarydamos finansines ataskaitas, nustatydamos ilgalaikio materialiojo turto vertę, netinkamai tvarkydamos investicijų į kitus subjektus ir savo pačių apskaitą, atlikdamos inventorizaciją. Dėl šių klaidų savivaldybių finansinių ataskaitų rinkiniuose nurodyti per 267 mln. Lt turto ir 359 mln. Lt įsipareigojimų didesni likučiai, per 68 mln. Lt mažesnės pajamos ir per 10 mln. Lt mažesnės veiklos sąnaudos. Be to, nebuvo galimybės įsitikinti 3 648 mln. Lt turto ir 2 215 mln. Lt įsipareigojimų likučių teisingumu. Vertindami savivaldybių finansines ataskaitas, valstybiniai auditoriai naudojosi ir savivaldybių kontrolės ir audito tarnybų atliktu darbu.
2013 m. pabaigoje savivalda turėjo 2 010 mln. Lt skolų. 25 savivaldybių skolinimosi galimybės yra apribotos nes jos neturi teisės skolintis investicijų projektams, įgyvendinamiems be Europos Sąjungos (ES) paramos. Per pastaruosius dešimt metų savivaldybių skolos padidėjo 5 kartus. Dažniausiai savivaldybės prasiskolina vykdydamos ES struktūrinių fondų projektus, prie kurių vykdymo turi prisidėti ir pačios. Skolos šiems projektams vykdyti sudarė apie 50 proc. visos savivaldybių skolos. Savivaldybės neturi aiškios skolos valdymo strategijos, todėl auditoriai perspėja apie riziką, jog priartėjusios prie maksimalios skolinimosi limitų ribos ir netekusios teisės skolintis, jos nebus pajėgios vykdyti investicinius projektus, suvaldyti prisiimtų skolinių įsipareigojimų, subalansuoti biudžetų, tad ateityje gali kilti grėsmė finansiniam tvarumui. Beje, savivaldybių skolos dydis neparodo realios savivaldybės padėties dėl įsiskolinimų. Trūkstant teisinio reglamentavimo, dalis savivaldybių į skolą įtraukė ne visus įsipareigojimus kreditoriams, o viena savivaldybė ėmė taikyti alternatyvias skolinimuisi priemones, taip išvengdama nustatytų skolinimosi procedūrų. Auditoriai turėjo pastabų ir dėl valstybės biudžeto lėšų savivaldybėms planavimo ir jų naudojimo. Ne visos valstybės biudžeto lėšos priskiriamos savivaldybių biudžetų pajamoms. Tokiu būdu savivaldybių biudžeto vykdymo ataskaitose neatskleista informacija apie 2,4 mlrd. Lt (arba 2 414 mln. Lt) panaudotas valstybės biudžeto lėšas. Valstybės lygiu nėra nustatytos finansavimo tvarkos savivaldybėms perduotoms įstaigoms išlaikyti. Todėl konkrečių įstaigų finansavimas dažnai gali priklausyti nuo atitinkamos ministerijos sprendimo.
Nei valstybės institucijos ir įstaigos, nei savivaldybės neskiria pakankamai dėmesio valstybės investicijų planavimui: nebaigus įgyvendinti vykdomų, planuojami nauji projektai, projektai užsitęsia 10 ir daugiau metų, ne visi projektai tiek laiko išlieka aktualūs, pabrangsta jų vykdymo sąnaudos. Ne visais atvejais aiškios naujų projektų įtraukimo į Valstybės investicijų programą priežastys, tuo tarpu tęstiniams projektams nusprendžiama lėšų neskirti, dėl to jų įgyvendinimas užsitęsia. Įgyvendinant valstybės investicinius projektus, socialinę ir ekonominę naudą gauna savivaldybės, tačiau dažniausiai juos planuojama vykdyti tik valstybės lėšomis, savivaldybės savo lėšomis prisideda mažai. Valstybės kontrolės auditoriai pateikė rekomendacijas, padėsiančias savivaldybėms efektyviau naudoti valstybės lėšas ir turtą, suvaldyti didėjantį jų įsiskolinimą.
