Išvalyti ir sutvarkyti šiltnamius reikia iki orų atšalimo. Išrautus augalus būtina išnešti iš šiltnamio kuo toliau ir sudeginti arba giliai užkasti, nes juose būna likę daug ligų sukėlėjų ir kenkėjų. Tada pasidaryti insekticidų ir fungicidų mišinio ir išpurkšti juo visą šiltnamį (medines konstrukcijas, plastikinius lankus taip pat reikia juo nupurkšti). Patartina supurkšti ir visą dirvos paviršių.
Nenorintieji naudoti chemikalų renkasi litavimo lempas, kuriomis išdegina visą šiltnamio dirvos paviršių ir takus tarp lysvių. Tokiu būdu labai efektyviai sunaikinamos kenkėjų lervos ir kiaušinėliai bei bakterinių ligų sukėlėjai. Jei šiltnamis stiklinis, reikia nuplauti visus stiklus, kurie būna užteršti baltasparnių ir kitų vabzdžių išmatomis. Šiam tikslui tinka druskos tirpalas (1 l techninės druskos – 9 l vandens). Nuplovus juo stiklus reikia perlieti švariu vandeniu. Plaunant druskos tirpalu žemės paviršių reikia pridengti, kad jo nepatektų į dirvą. Ne vienus metus tarnaujančia plėvele dengto šiltnamio sienos plaunamos vandeniu, muilo arba skalbiamųjų miltelių tirpalu.
Jei šiltnamis vienoje ir toje pačioje vietoje stovi daug metų, jame esančią žemę reikėtų pakeisti nors kas antrus metus. Tada nereikės stebėtis, kodėl prastas derlius ir serga augalai. Klysta manantys, kad puikiai dezinfekuoja stiprus šaltis, ir todėl nieko nedarantys. Ilgametę patirtį turintys šiltnaminių daržovių augintojai žino, kad baigus sezoną šiltnamį reikia dezinfekuoti tarsi operacinę.
