Lietuvos bankų asociacijos nuomone, indėlių palūkanų apmokestinimas reiškia pasitikėjimo šios formos kaupimu žlugdymą: yra didelis pavojus, kad daugelis žmonių pradės atsiiminėti indėlius iš bankų, kurie sudaro 78 proc. bankų ūkio kreditavimo išteklių. Dabartinėje sudėtingoje situacijoje tokio apmokestinimo atsiradimas gali turėti neigiamos įtakos bankų sistemos stabilumui, nes sunku prognozuoti indėlininkų elgsenos pasikeitimus.
Asociacijos prezidento dr. Stasio Kropo teigimu, apmokestinti žmonių santaupas šiuo Lietuvoje jautriu ir tarptautinėse rinkose neapibrėžtu laikotarpiu yra ydingas dalykas. Tai paliečia daugelį žmonių, kuriems palūkanos už indėlius Lietuvoje yra pagrindinė taupymo forma. Indėliai yra pagrindinis Lietuvos ūkio kapitalo formavimo šaltinis. Apmokestinimas neigiamai atsilieps ūkio kreditavimui ir Vyriausybės galimybėms skolintis vidaus rinkoje.
Lietuvos gyventojų taupymo norma (sutaupoma disponuojamų pajamų dalis) yra viena žemiausių Europos Sąjungoje. Palūkanų pajamų apmokestinimas gali paskatinti gyventojus mažiau taupyti „juodai dienai“ ir taip padaryti juos itin pažeidžiamus galimam pajamų praradimui (dėl krizės ar kitų objektyvių priežasčių).
Pasak S. Kropo, jei apmokestinsime taupymą, tai taupus žmogus per savo gyvenimą sumokės daugiau mokesčių nei tas, kuris tuojau pat išleis viską, nors abiejų pajamos bus visiškai vienodos. Bausime taupų, iš kurio santaupų finansuojamos įmonių investicijos ir skatinsime išlaidaujantį. Taip pat palūkanų apmokestinimas gali paskatinti eilinius gyventojus ieškoti didesnę grąžą duodančių taupymo priemonių ir taip prisiimti nepasvertą ir nesuprantamą riziką (pavyzdžiui, investuojant į akcijas).
Indėlininkai savo sukauptiems pinigams ieškos alternatyvių vietų ir indėlius pradės laikyti kitų šalių bankuose – dalis lėšų „išeis“ iš Lietuvos. Pajamos iš palūkanų už indėlius ir vertybinius popierius nėra apmokestinamos Estijoje, mažesnis tarifas (10 proc.) taikomas Latvijoje. Tokių mokestinių priemonių įvedimas silpnins Lietuvos bankų konkurencingumą regione (šiuo metu dėl neramumų euro zonos rinkose esame priklausomi nuo vietinių kreditavimo išteklių).
Fiskaline prasme pajamos iš palūkanų apmokestinimo bus nereikšmingos, o administravimo išlaidos, ypač pirmaisiais metais, bus didelės. Pagal tai, kaip šiuo metu yra suformuluotas Gyventojų pajamų mokesčio įstatymo pakeitimas, pajamos iš palūkanų yra priskiriamos A klasės pajamos. Gyventojas norėdamas pasinaudoti gyventojų pajamų mokesčio lengvata (neapmokestinama 200 Lt indėlių suma), pasibaigus metams turės pateikti metinę pajamų mokesčio deklaraciją. Tai palies daugumą vyresnio amžiaus žmonių, kurie gauna minimalias palūkanas. Jiems atsiras prievolė teikti metinę pajamų mokesčio deklaraciją, kuri yra pakankamai sudėtinga. Mokesčių administratoriui atsiras papildomi administravimo kaštai – deklaracijų tikrinimas, mokesčio grąžinimas ir pan.
Be to, Vyriausybė nėra parengusi ir pateikusi šio įstatymo pataisų poveikio vertinimo, trūksta nuoseklaus pagrindimo tokio mokesčio įvedimui ir poreikiui.
