Rūteniai žydi tiktai pavasarį, balandžio pabaigoje–gegužės pradžioje. Sunokinęs sėklas augalas nuvysta ir pasirodo tik kitą pavasarį. Įdomu, kad rūtenių sėklas platina skruzdėlės. Augalui labiausiai tinkamos augti vietos – plačialapiai ir mišrūs miškai, pamiškės, miškingi upių slėniai, šlaitai. Net dvi retosios Raudonosios knygos šių augalų rūšys paplitusios Neries regioniniame parke – tai tarpinis rūtenis (Corydalis intermedia) bei tuščiaviduris rūtenis (Corydalis cava). Pirmojo rūtenio sąžalynai rasti upelio slėnyje, jie nustebino augalų tankumu – net apie 30 augalų viename kvadratiniame metre.
Šią nuostabią vietą pirmas pastebėjo botanikas Almantas Kulbis. Lietuvoje tai nauja tokia gausi radimvietė. Iš viso šalyje žinoma apie 20 šių rūtenių augimviečių. Vienos gausiausių minimos Anykščių rajone, kur viename kvadratiniame metre suskaičiuota apie 30 augalų, o kitoje – apie 50.
Tačiau svarbu nesupainioti tarpinio rūtenio (Corydalis intermedia) su paprastuoju rūteniu (Corydalis solida), kuris nėra saugoma Raudonosios knygos rūšis ir Neries regioniniame parke sutinkamas gana dažnai. Pagrindinės grėsmės tarpinio rūtenio populiacijoms kyla dėl intensyvaus ūkininkavimo miškuose, kuomet išdraskomi dirvožemiai, šakomis užverčiamos augimvietės. Jose taip pat neleistinas važinėjimas transporto priemonėmis ar kelių tiesimas.
Kita rūšis – retasis tuščiaviduris rūtenis, pastebėtas augantis miško šlaite. Tuščiaviduriu šis rūtenis vadinamas ne veltui – jo stiebagumbis tuščiaviduris, o tai taip pat yra jo skiriamasis bruožas. Lietuvoje žinoma apie 40 šio augalo radimviečių, dažniausiai jis aptinkamas plačialapiuose miškuose bei miškinguose upių slėniuose. Pagrindinės grėsmės šios rūšies populiacijoms yra miško kirtimai – yra duomenų, jog plynieji kirtimai neigiamai veikia tuščiavidurio rūtenio gausą kirtavietėse.
Retųjų grybų radimvietėmis pasižymi ne tik Neries regioniniame parke esantis Dūkštų ąžuolynas, bet ir Neries kilpa apsuptas Panerių miškas, kuriame pastebėtas saugomas grybas – krateriškasis taurūnis (Urnula craterium). Šio grybo vaisiakūniai auga grupėmis, ant dirvožemyje ar jo paviršiuje trūnijančios šakų ir šakelių medienos. Pūstelėjus stipresniam vėjui ar kitaip jį užkliudžius grybas paskleidžia tamsų kaip dūmas sporų debesį.
Neries regioniniame parke krateriškojo taurūnio vaisiakūniai aptikti viename gražiausių miško kampelių, kuriame vyrauja seni medynai su nemažu stuobrių ir negyvos gulinčios medienos kiekiu. Tai pirmoji šio grybo radimvietė parke, o šalies mastu ši rūšis randama tik maždaug dešimtyje vietų.
Didžiausias Lietuvoje Dūkštų ąžuolynas nesiliauja stebinęs savo unikalumu – apie 300 ha teritorijoje jau rasta ne viena retųjų grybų, kerpių, augalų, vabzdžių rūšių bei stebimi juodasis gandras, mažasis erelis rėksnys, Dūkštos upės slėnyje aptinkamos didžiosios miegapelės.
Vos prieš savaitę gamtininkams besidairant retųjų paukščių lizdų šiame miške pasigirdo "skudučių" grojimas – tokį garsą skleidžia raudonpilvė kūmutė (Bombina bombina), dar viena šiame natūralios gamtos kampelyje apsigyvenusi saugoma rūšis.
Įdomu tai, jog kūmutės įsikūrė ąžuolyno krašte esančioje šlapynėje, kuri atsirado dėl bebrų patvankos.
Raudonpilvių kūmučių rūšis įrašyta ne tik į Lietuvos raudonąją knygą, bet ir į Europos buveinių direktyvos priedus. Ąžuolyne ir pačiame Neries regioniniame parke kūmutės pastebėtos pirmą kartą. Didžiausios grėsmės raudonpilvių kūmučių populiacijoms kyla dėl buveinių pasikeitimo, ypač dėl juose vykdomų melioracijos darbų. Raudonpilvės kūmutės veisiasi gerai saulės šildomuose vandens telkiniuose.
