1954 m., baigęs Vilniaus pedagoginį institutą ir įgijęs lietuvių kalbos ir literatūros ir psichologijos specialybę, jis pasirinko kalbininko kelią. 1956–1959 m. Aloyzas Vidugiris studijavo Lietuvių kalbos ir literatūros instituto aspirantūroje. Nuo 1954 m. iki 2001 m. dirbo Lietuvių kalbos instituto Kalbos istorijos ir dialektologijos skyriaus vyresniuoju mokslo darbuotoju.
Vadovaujamas akademiko Boriso Larino, apgynė daktaro (tuo metu – filologijos mokslų kandidato) disertaciją „Zietelos lietuvių tarmė“ ir visą tolesnį savo gyvenimą skyrė lietuvių paribio tarmių tyrimams, išvaikščiojo ir išvažinėjo visas lietuvių gyventas vietas Baltarusijoje, Lenkijoje, Čiornaja Padinoje (Rusija, Saratovo sritis). Surinkta ir apibendrinta medžiaga paskelbta šiuose stambiausiuose veikaluose: „Lazūnų tarmės žodyne“ (1983), „Zietelos šnektos žodyne“ (1998), „Dieveniškių šnektos žodyne“ (2005, 2010), „Lazūnų tarmės tekstuose“ (1987), „Zietelos šnektos tekstuose“ (2005, 2010), monografijose „Zietelos lietuvių šnekta“ (2004) ir „Lazūnų šnekta“ (2014).
Kaip bendraautoris Aloyzas Vidugiris prisidėjo prie pačių reikšmingiausių lietuvių dialektologijos darbų: pirmosios lietuvių tarmių chrestomatijos „Lietuvių kalbos tarmės“ (1970) ir „Lietuvių kalbos atlaso“ (1977–1991). Už pastarąjį leidinį kartu su kitais Aloyzui Vidugiriui buvo paskirta Lietuvos Respublikos mokslo premija (1994). Tais pačiais metais už reikšmingus kraštotyros darbus jam įteikta valstybinė Jono Basanavičiaus premija.
Velionis pašarvotas Vilniaus Šv. Apaštalų Petro ir Povilo bažnyčios laidojimo paslaugų centro I salėje (M. K. Paco g. 4). Lankymas kovo 7 d. nuo 15 val. Šv. Mišios vyks kovo 7 d. (pirmadienį) 18 val. Šv. Apaštalų Petro ir Povilo bažnyčioje. Laidotuvės kovo 8 d. 13 val. Vilniaus Antakalnio kapinėse.
