Rugsėjo 29 d. Seimas balsų dauguma po pateikimo tęsinio grąžino tobulinti Mokslo ir studijų įstatymo projektą, kuriuo buvo siūloma pratęsti Vilniaus universiteto autonomijos garantiją, jo statutą tvirtinant atskiru, vis dar galiojančiu įstatymu. Lietuvos socialdemokratų partijos frakcijos seniūnas Algirdas Butkevičius mano, jog „prieš“ balsavę Seimo nariai galėjo būti suklaidinti Parlamento Teisės departamento išvadų.
Projekto iniciatorės Seimo narės Virginijos Baltraitienės teigimu, Konstitucinis Teismas savo nutarimuose yra pažymėjęs, kad aukštosios mokyklos skiriasi pagal studijų pobūdį, aukštųjų mokyklų tikslus, specialistų parengimo lygį, mokslinį potencialą, todėl įstatymais skirtingoms aukštosioms mokykloms gali būti nustatomos skirtingos autonomijos ribos, skirtingai reguliuojami aukštųjų mokyklų valdymo, taip pat ir jų savivaldos santykiai.
„Gali būti, jog Seimo Teisės departamento išvadų rengėjai arba nesuprato, arba nenorėjo suprasti projekto naudos. Jie įžvelgė norą suteikti universitetui išimtį, tačiau būtent šia mintimi suklaidino dalį parlamentarų. Dėl to Seimo nariai ėmė priešintis siūlymui ir tikino, jog negalima daryti jokių išimčių nė vienam universitetui“, – mano LSDP frakcijos lyderis.
LSDP frakcijos seniūno pavaduotojas J.Olekas teigia, jog socialdemokratai palaikė projektą, nes priėmus pataisas, būtų užpildyta dėl įstatymų leidėjo neapdairumo atsiradusi spraga Mokslo ir studijų įstatyme.
„1990 m. birželio 12 d. įstatymas dėl Vilniaus universiteto statuto patvirtinimo visa apimtimi tebegalioja šiandien, Mokslo ir studijų įstatymas niekaip negalėjo paveikti jo galiojimo fakto, nes atsižvelgiant į Konstitucinę doktriną, „įstatymais skirtingoms aukštosioms mokykloms gali būti nustatomos skirtingos autonomijos ribos; įstatymais gali būti skirtingai reguliuojami aukštųjų mokyklų valdymo, taip pat ir jų savivaldos santykiai“. Čia akivaizdi dviejų įstatymų – bendrojo ir specialaus – konkurencija, kuri yra gerai žinoma ir pasaulinėje teorijoje ir praktikoje. O konkuruojant dviem normoms, prioritetas skiriamas specialiajai“, – aiškina J.Olekas.
Socialdemokratai primena, jog Konstitucijoje įtvirtintas klasikinis aukštųjų mokyklų autonomijos principas, kuris reiškia aukštųjų mokyklų savivaldą ir nepriklausomumą nuo politinės valdžios, panašiai kaip teismų atžvilgiu. Taigi Vilniaus Universiteto statuto patvirtinimo teisinės formos pakeitimas iš aukštesnė į žemesnę neabejotinai reikštų, kad sumažinamos buvusios VU garantijos, o tai jau antikonstituciška.