Tokį sprendimą dėl bausmės Teismas priėmė nustatęs, kad byloje nebuvo nustatytas L. Kononovo išskirtinai aktyvus dalyvavimas, darant nusikaltimą. Jam padaryti turėjo įtakos to istorinio laikotarpio valstybės santvarka, nuteistojo padėtis, susijusi su darbu milicijoje, nusikalstamos veikos padarymo metu jaunas amžius (23 m.), lengvabūdiškas tuometinis požiūris į įstatymo saugomas (tačiau bendražmogiška prasme nesaugomas) vertybes, neteisingai įvertintas pačios veikos pavojingumas. Be to, veika padaryta beveik prieš 65 metus, nuo to laiko L. Kononovas nėra padaręs kitų nusikalstamų veikų.
Teismas įvertino ir nuteistojo aiškiai senyvą amžių (jam yra beveik 88 metai), jo sveikatos būklę ir konstatavo, kad teismo paskirtos realios laisvės atėmimo bausmės atlikimas iš esmės reikštų vienintelį bausmės paskirties – nubaudimo – realizavimą. Kiti bausmės tikslai objektyviai nebegali būti pasiekti ir netektų prasmės. Veiksminga bausmė gali būti tik tuomet, kai pasiekiami visi jai keliami tikslai – sulaikyti asmenis nuo nusikalstamų veikų darymo; nubausti nusikalstamą veiką padariusį asmenį; atimti ar apriboti nuteistam asmeniui galimybę daryti naujas nusikalstamas veikas; paveikti bausmę atlikusius asmenis, kad laikytųsi įstatymų ir vėl nenusikalstų; užtikrinti teisingumo principo įgyvendinimą.
Be to, dėl nuteistojo amžiaus, sveikatos būklės, nustatytų ligų realus laisvės atėmimo bausmės atlikimas sukeltų jam fizines kančias ir reikštų nepateisinamai žiaurų elgesį su šiuo nuteistuoju, o bausmė negali sukelti nuteistajam kančių ir neproporcingai didelių suvaržymų. Tai irgi neatitiktų teisingos bausmės sampratos.
Išteisinimo pasiekti nepavyko
Teismas taip pat atmetė nuteistojo gynėjos prašymą jos ginamąjį išteisinti, nes, Teismo nuomone, L. Kononovo kaltė įrodyta, byla išnagrinėta teisingai. Tačiau Teismas nusprendė panaikinti L. Kononovui inkriminuotą sunkinančią jo atsakomybę aplinkybę – tai, kad veiką jis padarė bendrininkų grupe.
Primename, kad 1951 metais spalio mėnesį, būdamas sovietų represinės struktūros pareigūnas, L. Kononovas tyčia trėmė okupuotos Lietuvos gyventojus (vieną šeimą, moterį su mažu sūnum) į ją okupavusios šalies teritoriją. Nuteistasis savo kaltės nepripažino.
Apeliacinį skundą pateikusi L. Kononovo gynėja teigė, kad nuosprendis grįstas prielaidomis ir prašė jos ginamąjį išteisinti. Šis Lietuvos apeliacinio teismo nuosprendis dar gali būti skundžiamas kasacine tvarka Lietuvos Aukščiausiajam teismui.
