Ginklų fondo finansinę veiklą vertinusi Valstybės kontrolė priekaištauja fondui dėl išlaidavimo nuomojant automobilius, mokant vadinamuosius tryliktuosius atlyginimus. Fondo direktorius Gintautas Mišeikis įpareigotas pašalinti audito metu nustatytus teisės aktų pažeidimus ir įvertinti juos padariusių asmenų veiklą.
Ginklų fondas, kuriame dirbo 26 darbuotojai, naudojosi šešiais automobiliais, iš kurių penki - nuomojami. Įvertinę automobilių naudojimo intensyvumą, auditoriai konstatavo, kad institucija jai pavestas funkcijas galėjo atlikti ir su mažesniu automobilių parku. Vien transporto priemonių metinė nuoma fondui atsiėjo beveik 80 tūkst. litų.
Kontrolieriai priekaištų turėjo ir dėl Ginklų fondo direktoriui bei darbuotojams 2007 m. pabaigoje skirtų 35 tūkst. litų vienkartinių išmokų: vadinamieji tryliktieji atlyginimai darbuotojams išmokėti iš 2008 m. fondui skirtų lėšų, o ne panaudojant 2007 m. sutaupytas darbo užmokesčio lėšas.
Audito metu konstatuota, kad fondas buhalterinėje apskaitoje netinkamai apskaitė iš valstybės biudžeto gautas ir panaudotas lėšas, dalį socialinės paramos išlaidų priskyrė darbo užmokesčio išlaidoms, netinkamai skaičiavo ligos pašalpas bei neapskaitė valdomų Giraitės ginkluotės gamyklos akcijų.
Apie audito metu nustatytus pažeidimus informuota Vyriausybė ir Seimo Audito komitetas.