Pirmiausiai pradėti skiepyti didžiausią riziką užsikrėsti turintys sveikatos priežiūros paslaugas teikiančių padalinių darbuotojai: Skubios pagalbos skyriaus, Intensyviosios terapijos klinikos, Anesteziologijos klinikos ir kiti darbuotojai.
Asmenys trečiąja COVID-19 vakcinos doze vakcinuojami ne anksčiau kaip po 180 dienų nuo antrosios COVID-19 vakcinos dozės suleidimo dienos. Skiepijimui Kauno klinikose naudojama Comirnaty (Pfizer-BioNtech) vakcina.