Dėl žudynių teisiami Rusijos piliečiai Andrejus Laktionovas, Česlavas Mlinykas ir Aleksandras Ryžovas. Kaltinamieji teismo procese Lietuvoje nedalyvauja, jiems atstovauja Lietuvos valstybės paskirti gynėjai.
Rusija šiuo klausimu su Lietuva nebendradarbiauja ir nesutinka išduoti savo piliečių. Lietuvos įstatymai tam tikrais atvejais leidžia nagrinėti bylas kaltinamiesiems už akių. Gynėjai prašo išteisinti kaltinamuosius, neįrodžius jų kaltės, o jeigu ir bus jie pripažinti kaltais, skirti švelnesnę bausmę nei siūlo prokurorai. Generalinė prokuratūra visus kaltinamuosius prašo pripažinti kaltais ir skirti įkalinimą iki gyvos galvos.
Siūlydamas bausmę valstybės kaltintojas prokuroras Saulius Verseckas yra sakęs, kad Medininkų pasienio posto pareigūnai nužudyti tęstinės karinės agresijos metu, o omonininkai pažeidė įstatymus ir karo papročius, įvykdė Niurnbergo tribunolo jurisdikcijai priskirtus nusikaltimus taikai ir žmoniškumui.
Pasak S.Versecko, nors to meto Lietuvoje nebuvo numatyta atsakomybė už nusikaltimus žmoniškumui, jau galiojo tarptautinės teisės normos, numatančios atsakomybę už tokius nusikaltimus. Kaltinamieji aiškiai žinojo ir suvokė Sovietų Sąjungos vykdymą politiką.
Bylos duomenimis, Rygos OMON vadovas Č.Mylinkas davė įsakymą užpulti Medininkų postą, o A.Laktionovas ir A.Ryžovas, remdami sovietų politiką, šį įsakymą įvykdė. Ši byla teismui nagrinėti perduota 2013 metų gruodį.
Tai antroji teismą pasiekusi byla dėl šio nusikaltimo. Dėl Medininkų žudynių kol kas nuteistas vienas asmuo. 2011 metų pavasarį Vilniaus apygardos teismas Latvijos pilietį, buvusį omonininką Konstantiną Michailovą įkalino iki gyvos galvos.
Lietuvos apeliacinis teismas nuteistojo skundą šią vasarą atmetė, nuosprendis jam įsiteisėjo. Pripažinti tris omonininkus įtariamaisiais ir perduoti šią bylą teismui tapo įmanoma, kai 2010 metų gruodžio mėnesį buvo priimtos Baudžiamojo proceso kodekso ir Baudžiamojo kodekso pataisos dėl baudžiamosios atsakomybės taikymo už nusikaltimus žmoniškumui ir karo nusikaltimus. Šios pataisos numatė galimybę užbaigti ikiteisminį tyrimą įtariamajam nedalyvaujant procese.
