Kandidatas į žemės ūkio ministrus yra dirbęs kooperatyvų „Lietuviškas pienas“ ir „Pienas LT“ valdybose, keturis kartus buvo rinktas į Klaipėdos rajono savivaldybės tarybą. 2006 metais jis turėjo galimybę tapti Seimo nariu, kai mandato atsisakė Lietuvos valstiečių liaudininkų sąjungos narys Kazys Bobelis. Vis dėlto šia galimybe jis nepasinaudojo.
2003 metais B.Markauskas ir kiti ūkininkai surengė kai kurių kelių į Latviją ir Lenkiją bei automagistralės prie Klaipėdos blokadą, reikalaudami didesnės paramos pieno gamintojams. Blokadą žemdirbiai nutraukė, tik gavę Vyriausybės pažadą skirti pieno gamintojams 56 mln. litų.
2004 metų rugsėjį teismas B.Markauskui skyrė 60 parų arešto, atidedant bausmę vieneriems metams. Kartu buvo nuteisti 4 ūkininkai.
Tačiau 2013 metų pabaigoje Europos Žmogaus Teisių Teismas paskelbė, jog bausmė buvo neproporcinga, nes demonstracija vyko be smurto, tuo pat metu vykstant žemdirbių deryboms su Vyriausybe. Vyriausybei sprendimą apskundus, 2015 metais to paties teismo Didžioji kolegija pakeitė sprendimą ir paskelbė, kad Lietuva turėjo teisę nubausti ūkininkus areštu. Dabar B.Markausko teistumas teisiniu požiūriu jau yra išnykęs.
