Panaikinus apskritis akreditacijas mokyklose organizuos viena Vidurinio ugdymo programos akreditacijos komisija. Šie pakeitimai nustatyti švietimo ir mokslo ministro Gintaro Steponavičiaus įsakymu „Dėl ugdymo programų akreditacijos kriterijų ir jos vykdymo tvarkos aprašo patvirtinimo“. Paraiškos akreditacijai bus teikiamos tiesiogiai ministerijai.
Akreditacijos tikslas – visiems mokiniams užtikrinti kokybiškas sąlygas įgyti vidurinį išsilavinimą. Vertinant vidurinio ugdymo programas atsižvelgiama į vienuoliktokų ir dvyliktokų mokymosi pasiekimus, paskutinių trejų metų mokinių mokymosi sėkmingumo pokyčius (pamokų lankomumą, pažangumą, dalyvavusiųjų olimpiadose, konkursuose laimėjimus ir kt.). Vertinamas ir pedagoginių bei kitų darbuotojų pasirengimas, kvalifikacija, mokyklos materialinė bazė, tvarkaraščio racionalumas, palankumas mokiniams ir kt.
Jei mokykloje buvo atliktas išorės vertinimas, tai akreditacijos procesas nuo šiol supaprastės. Jeigu mokykla vykdo privalomus akreditacijos kriterijus, turi privalomą 11–12 klasių mokinių mokymosi sėkmingumo ir pasiekimų balų skaičių, visų veiklos sričių kokybė įvertinta ne žemiau kaip antru lygiu, išskyrus atskirų sričių temas („Bendrasis ugdymo organizavimas“, „Pagalba planuojant karjerą“, „Personalo valdymas“), tai atitikties kitiems akreditacijos kriterijams nebereikės vertinti.
Nuo 2004 metų, akreditavus vidurinio ugdymo programas buvo įsteigtos 126 naujos gimnazijos ir 28 profesinių mokyklų gimnazijų skyriai (šiuo metu šalyje registruota 216 gimnazijų).
