Virgilijus Dudonis gimė 1970 metų balandžio 20 dieną Ukmergėje, mokėsi Ukmergės 5-ojoje vidurinėje mokykloje, kurią baigė 1988 metais. Po mokyklos baigimo buvo paimtas tarnauti į sovietinę kariuomenę. Nuo 1988 metų rugsėjo iki 1990 metų lapkričio tarnavo Sibire spec. dalinyje puskarininkiu. Virgilijaus svajonė buvo tapti karininku, jis ketino stoti į karo aviacijos mokyklą, tačiau tam trukdė tiek tėvų nepritarimas, tiek ta aplinkybė, kad tarnybos draugai sulaikė jį tarnybos vietoje Novosibirske.
1990 metais, jau paskelbus apie Lietuvos Nepriklausomybės atkūrimą, Virgilijus grįžo į Lietuvą, tikėdamasis, kad Tėvynei reiks savų karininkų. Parvykusiam jaunuoliui Ukmergės kriminalinės policijos viršininkas patarė vykti į Vilnių, nes tuo metu ten kūrėsi greitojo reagavimo būrys „Aras“. Apsisprendimui daug reiškė ir Tėvynės pasiilgimas. Įstoti į „Aro“ būrį Virgilijui nebuvo sudėtinga, tačiau tuometinė tarnyba buvo labai sunki. „Aro“ vyrai budėjo, saugojo objektus, teko susidurti su nusikalstamo pasaulio atstovais.
Aprimus situacijai Lietuvoje Virgilijui Dudoniui iškilo dilema, ką veikti toliau: likti tarnauti „Aro“ būryje, tapti Aukščiausiosios Tarybos apsaugos darbuotoju ar siekti karininko karjeros. Šiuo dvejonių laikotarpiu pradėjo ryškėti dar vienas kelias, kurį, Virgilijaus nuomone, pats Dievas jam padėjo pasirinkti. Jis slapta nuo būrio draugų ėmė gilintis į teologines tiesas ir apsisprendė pasukti kunigystės keliu. Jau padavus dokumentus į seminariją jį pasiekė žinia apie Medininkų žudynes, kuriose žuvo jo tarnybos draugai.
Tai buvo dar vienas postūmis, vertęs Virgilijų grįžti į tarnybą, bet tuometinis „Aro“ vadas tik pasakė: „Ačiū, bet ir be tavęs čia rūpesčių apstu.“ Atidavęs ginklus Virgilijus Dudonis pradėjo naują savo gyvenimo kelio etapą. Jis buvo įsitikinęs, kad šis jo pasirinkimas tikrai buvo teisingas. Pažymėtina, kad, tiek apie savo norą tapti kariškiu, tiek apie kelią į kunigystę Virgilijus neskubėjo informuoti tėvų. Tai buvo jo paties apsisprendimas.
Į Kauno tarpdiecezinę kunigų seminariją Virgilijus Dudonis įstojo 1991 metais. 1996 metų birželio 8 dieną buvo įšventintas diakonu ir paskirtas sielovadinei tarnystei Kauno arkikatedroje bazilikoje bei Kauno tarpdiecezinės kunigų seminarijos klierikų formarijumi. Kunigu jis tapo 1996 metų gruodžio 1 dieną ir, toliau paliekant eiti skirtas pareigas seminarijoje, buvo paskirtas Kauno arkikatedros bazilikos vikaru.
Vikaro darbą arkikatedroje kunigui Virgilijui teko atlikti labai neilgai. Jau 1997 metų sausio 10 dieną jis, paliekant kunigų seminarijos ugdytoju, yra skiriamas Kauno apskrities karo kapelionu bei kunigu pagalbininku Šv. arkangelo Mykolo (Įgulos) bažnyčioje. Tuometinis Kauno arkivyskupas Sigitas Tamkevičius ypač rūpinosi, kad Įgulos bažnyčioje būtų vienodai ir lygiai svarbi tiek kariuomenės, tiek ir pasauliečių tikinčiųjų sielovada, nes tada labai trūko dėmesio kariuomenės sielovadai.
Pasibaigus mokslo metams 1997 metų gegužės 10 dieną kunigas Virgilijus Dudonis buvo atleistas iš Kauno tarpdiecezinės kunigų seminarijos ugdytojo pareigų ir skiriamas Kauno Šv. arkangelo Mykolo (Įgulos) bažnyčios rektoriumi, pavedant jam tiek kariuomenės, tiek ir tikinčiųjų pasauliečių sielovadą.
Jau besidarbuodamas Įgulos bažnyčioje kunigas Virgilijus parodė labai daug dėmesio įvairių piligrimų grupių palydėjimui. Pats rodydamas didelį entuziazmą kelionėms, tuo užkrėtė ir savo ganomuosius. Darbavosi taip pat ir „Saulės“ gimnazijoje, labai džiaugdamasis, kad pavyko joje suorganizuoti aktyvią sielovadą. 1999 metais, artėjant kariuomenės ordinariato įkūrimui, jis kreipėsi į Kauno arkivyskupą, prašydamas palikti jį darbui arkivyskupijoje, nes jautė, kad gali būti naudingesnis parapijoje. Tiesa, to jam teko laukti dar beveik metus. Tik 2000 metų spalio 24 dieną jis buvo atleistas iš Kauno Šv. arkangelo Mykolo (Įgulos) bažnyčios rektoriaus ir Kauno apskrities karo kapeliono pareigų ir paskirtas Raseinių, Kalnujų ir Alėjų parapijų klebonu.
Besidarbuodamas Raseiniuose 2003 metų sausio 8 dieną kunigas Virgilijus Dudonis kreipėsi į Kauno arkivyskupą, išdėstydamas jam savo ketinimą stoti į kapucinų vienuolyną. Tiesa, vėliau šis sumanymas nebuvo realizuotas. Tai galėjo būti ir vidinis žmogaus sielos nerimas, nes ir vėliau ateityje kunigas Virgilijus vis išsakydavo širdyje rusenantį norą atsiduoti atgailos ir atsiskyrimo nuo pasaulio gyvenimui. 2005 metų gegužės 31 dieną kunigas Virgilijus Dudonis buvo atleistas iš Raseinių, Kalnujų ir Alėjų parapijų klebono pareigų ir paskirtas Kauno Šventosios Dvasios (Šilainių I) parapijos vikaru bei Kauno „Ąžuolo“ gimnazijos kapelionu. Šias pareigas jis ėjo trejus metus, kol 2008 metų gegužės 26 dieną buvo paskirtas Vilkijos parapijos klebonu. 2013 metų rugpjūčio 5 dieną jis buvo paskirtas taip pat ir Paštuvos parapijos klebonu.
Priimdamas pareigą aptarnauti Paštuvos parapiją kunigas Virgilijus prisiėmė taip pat ir pareigą atstatyti 2012 metų gegužės 9 dieną sudegintą parapijos bažnyčią. Atstatymo iniciatyvą parodė parapijos bendruomenė, darbo ėmėsi ir naujasis klebonas. Jau 2015 metų rugsėjo 20 dieną Kauno arkivyskupas galėjo pašventinti naują Paštuvos parapijos bažnyčią.
2013 metų sausio 10 dieną jis buvo paskirtas taip pat ir Seredžiaus parapijos klebonu. Jam tenkančią papildomą naštą kunigas Virgilijus Dudonis priėmė su pašaukimo ir aukos dvasia. Jo noras buvo tinkamai patarnauti tikintiesiems.
Vis dėlto toks įtemptas darbas atnešė pasekmių. 2016 metų liepos mėnesio pabaigoje kunigas Virgilijus patyrė rimtų negalavimų. Gydytojų nuomone, tai buvo bendro organizmo išsekimo pasekmė. Vis labiau silpnėjant sveikatai, 2017 metų birželio 5 dieną kunigas Virgilijus Dudonis buvo atleistas iš Vilkijos, Paštuvos ir Seredžiaus parapijų klebono pareigų ir paskirtas Kauno M. V. J. Kristaus Prisikėlimo parapijos rezidentu vikaro teisėmis ir pareigomis. Čia darbavosi pagal savo išgales, kol 2020 metų sausio 18 dieną, grįžęs iš kelionės, pasijuto silpnai ir naktį iškeliavo pas Viešpatį.
2008 metais surašytuose pageidavimuose dėl savo laidotuvių kunigas Virgilijus Dudonis prašė, kad jo laidotuvėse būtų kuo daugiau baltos spalvos, kad nebūtų liūdesio, o vien tik džiaugsmas dėl Dievo gailestingumo, kurį Jis parodo žmonėms, bei padėka už gautą gyvenimo dovaną. Tai buvo kunigo gyvenimo nusistatymas. Jis mokėjo džiaugtis gyvenimu, mokėjo pripažinti klaidas ir visuomet troško Dievo artumo, degė meile savo Tėvynei.
Kunigas Virgilijus Dudonis sausio 21 dienos pavakare (16–17 val.) bus pašarvotas Kauno M. V. J. Kristaus Prisikėlimo mažojoje bažnyčioje (Aukštaičių g. 4). Laidotuvių Šv. Mišios aukojamos ketvirtadienį, sausio 23 dieną 12 valandą. Po Šv. Mišių kunigas Virgilijus Dudonis bus palaidotas Kauno M. V. J. Kristaus Prisikėlimo mažosios bažnyčios šventoriuje.
