Atliktas tyrimas atskleidė, kad vidaus ir išorės auditoriai retai kada gali pasinaudoti vieni kitų atliktais darbais. Pavyzdžiui, 2009 m. Valstybės kontrolė tik 8 proc. visų atliktų valstybinių auditų naudojosi valstybės vidaus auditorių atliktų tyrimų duomenimis, o savivaldybių – nė vieno. Siekiant išvengti darbų dubliavimo ir sumažinti darbų apimtis, būtina suvienodinti kai kurias audito vertinimo metodikas. Išspręsti šias problemas galėtų padėti glaudesnis bendradarbiavimas su Finansų ministerija, kuriai pavesta rengti vidaus audito metodikas ir vertinti Vidaus audito tarnybų veiklą.
Lietuvoje sukurtos vidaus ir išorės audito sistemos grandys yra pajėgios užtikrinti valstybės finansų kontrolę, tačiau dėl tarpusavio bendravimo ir susikalbėjimo stygiaus neretai dubliuojama veikla, menkai naudojamasi vieni kitų darbo rezultatais. Tai konstatuota Valstybės kontrolės išankstinio tyrimo metu įvertinus, kaip veikia Lietuvos vidaus ir išorės audito sistema.
Valstybės kontrolierės Giedrės Švedienės teigimu, labai svarbu ne tik teisiškai sukurti vidaus ir išorės audito sistemą, bet ir užtikrinti sklandų jos veikimą.
„Atskiros audito grandys –vidaus auditoriai, savivaldybių kontrolieriai ir Valstybės kontrolė –nors ir yra nepriklausomos, galėtų padėti viena kitai. Jeigu visos finansų kontrolės grandys dirbtų koordinuotai, galėtume greičiau ir pigiau atlikti kiekvienam iš mūsų pavestas funkcijas. Taip ne tik sutaupytume valstybės lėšų, bet galėtume atlikti daugiau auditų, padėtume valstybei tvarkytis efektyviau„, –sako G. Švedienė.
Valstybiniai auditoriai pažymi, kad dalis vidaus audito tarnybų jau daugiau nei dešimtmetį nėra sukomplektuotos, be to, 2007-2009 m. jose mažėjo dirbančių vidaus auditorių ir jų atliekamų auditų mastas. Pavyzdžiui, 2009 m. tik trijose iš 60-ies savivaldybių centralizuotose vidaus audito tarnybose dirbo numatytas vidaus auditorių skaičius. Tai trukdo vidaus auditoriams specializuotis ir atlikti specifinių žinių reikalaujančius auditus, pavyzdžiui, viešųjų pirkimų ar informacinių sistemų. Kelerius metus iš eilės vidaus auditų metu daugiausia svarbių pažeidimų nustatoma būtent šiose srityse.
Valstybės kontrolė 2013 m. turės atlikti nacionalinio ataskaitų rinkinio, į kurį įeis ir savivaldybių konsoliduotų finansinių ataskaitų rinkiniai, auditą. Atlikdama tokį auditą Valstybės kontrolė turės būti tikra, kad visų 60 savivaldybių ataskaitų rinkinių auditai atlikti kokybiškai ir jais galima naudotis. Tačiau 2006-2009 m. Valstybės kontrolės atlikti savivaldybių vidaus audito tarnybų auditų išorinės peržiūros rezultatai verčia abejoti savivaldybių kontrolės ir audito tarnybų auditų nepriklausomumu ir kai kurių auditų rezultatais.
Jei nebus keičiama dabartinė išorės audito sistema, nuo 2012 m. kai kurie išorės audito darbai gali būti dubliuojami, neefektyviai naudojami turimi resursai.
Praėjusiais metais Seime buvo sudaryta Viešojo sektoriaus išorės ir vidaus audito teisinės bazės tobulinimo darbo grupė, kuriai visos suinteresuotos šalys pateikė siūlymus, kaip užtikrinti sklandų audito sistemos veikimą. Valstybės kontrolė taip pat kreipėsi į Lietuvos auditorių rūmus, Finansų ministeriją, Savivaldybių kontrolierių asociaciją ir Vidaus auditorių asociaciją, kviesdama glaudžiau bendradarbiauti, siekiant padėti gerinti viešojo sektoriaus valdymą, išorės ir vidaus audito kokybę, didinti visuomenės pasitikėjimą auditą atliekančiais asmenimis. Dėl šių priežasčių šiuo metu audito nuspręsta neatlikti, bet glaudžiai bendradarbiauti su Seime sudaryta darbo grupe.
