Valstybės kontrolė (VK), įvertinusi, kaip planuojamos ir įgyvendinamos tarpinstitucinės programos, siūlo tobulinti jų valdymą, apskaitą, stebėseną ir atskaitomybę.
Valstybės kontrolierės Rasos Budbergytės teigimu, nesant tikslios programų apskaitos, pilnos atskaitomybės ir efektyvaus valdymo, įgaliotoms institucijoms sudėtinga įvertinti jų įgyvendinimo rezultatus ir panaudotas lėšas.
VK paskelbtais atlikto audito duomenimis, tarpinstitucinių programų planavimui ir vykdymui trūksta teisinio reglamentavimo, jų planuose stinga konkretumo, nenurodomi visi programų vykdytojai, ne visuomet teikiamos ataskaitos apie pasiektus rezultatus.
2007 metais Seimo ir Vyriausybės buvo patvirtinta daugiau kaip šimtas programų, planų ir kitų dokumentų, už kurių įgyvendinimą atsakingos kelios skirtingose valdymo srityse veikiančios institucijos. Finansų ministerijos duomenimis, šioms programoms įgyvendinti praėjusiais metais buvo skirta beveik 784 mln. litų.
Audito metu buvo nustatyta, kad daugiausia programų, kuriose nenumatyta nei stebėsena, nei atskaitomybė, koordinuoja Kultūros, Švietimo ir mokslo bei Sveikatos apsaugos ministerijos.
Tarp tokių programų minimos Bibliotekų renovacijos ir modernizavimo programa, Valstybinė vėžio profilaktikos ir kontrolės programa. Nacionalinės kovos su korupcija bei Civilinės saugos ir gelbėjimo sistemos plėtotės programos buvo patvirtintos, nenustačius jų įgyvendinimą koordinuojančių institucijų.
Auditoriai taip pat atkreipė dėmesį, kad rengiant kai kurias ilgos trukmės programas, rezultatus numatoma vertinti tik baigus jas įgyvendinti. Nenumačius tarpinių rezultatų vertinimų, pasak jų, kyla rizika, kad programos vykdymas ilgą laiką gali būti nestebimas ir nekontroliuojamas, todėl lėšos gali būti naudojamos neefektyviai, o tikslai - nepasiekti.
