Iki šiol neišspręstos pagrindinės problemos, nustatytos 2003 metais Aplinkos ministerijos užsakymu atlikus vandentvarkos ūkio situacijos analizę. Valstybės kontrolė nustatė, kad vartotojai sumoka už vandens tiekimo įmonių ilgalaikėse veiklos programose numatytas, bet neįvykdytas investicijas.
Pasak valstybės kontrolierės Giedrės Švedienės, valstybės institucijos ir savivaldybės vandentvarkos srityje neatliko daugelio numatytų darbų. Maždaug trečdalis šalies gyventojų dar neturi galimybės gauti kokybišką geriamąjį vandenį iš centralizuotų vandens tiekėjų.
Geriamojo vandens tiekimo ir nuotekų tvarkymo plėtros strategijoje numatyta, kad iki 2015 metų ne mažiau kaip 95 proc. kiekvienos savivaldybės gyventojų būtų aprūpinami viešojo vandens tiekėjo tiekiamu geriamuoju vandeniu ir gautų nuotekų tvarkymo paslaugas. Tačiau yra rizika, kad tai nebus įgyvendinta, nes nebuvo įvertintas investicijų poreikis, gyventojų noras ir galimybė jungtis prie naujų tinklų, neatsižvelgta į gyventojų pasiskirstymą, vandens tiekimo įmonių pajėgumus ir kitus rodiklius.
Iki šiol nesukurta efektyvi vandens ūkio valdymo sistema – vandens tiekimo įmonės nestambinamos, vandens tiekimo veikla nelicencijuojama, nė viena savivaldybė nėra parinkusi viešojo vandens tiekėjo, trečdalis savivaldybių iki šiol nėra parengusios geriamojo vandens tiekimo ir nuotekų tvarkymo infrastruktūros plėtros planų, nors turėjo parengti daugiau kaip prieš dvejus metus. Valstybiniai auditoriai konstatavo, kad savivaldybės dažnai nesilaiko Geriamojo vandens tiekimo ir nuotekų tvarkymo įstatymo, tačiau Vyriausybės atstovai apskrityse nesiima pakankamų priemonių, kad jis būtų įgyvendinamas, o Aplinkos ministerija pagal savo kompetenciją apsiriboja tik savivaldybių veiklos koordinavimu.
Dauguma vandens tiekimo įmonių dirba nuostolingai, pelno dydis Geriamojo vandens tiekimo ir nuotekų tvarkymo kainų nustatymo metodikoje nereglamentuotas, vandens tiekimo paslaugų kaina mažesnė už savikainą. Valstybės kontrolės nuomone, dėl šių priežasčių nebus užtikrintas ilgalaikis geriamojo vandens tiekimo ir nuotekų tvarkymo infrastruktūros eksploatavimas ir jos atnaujinimas, bus sunku laikytis paslaugų kokybės reikalavimų, mažinti aplinkos taršą ir racionaliai naudoti vandens išteklius. Vandens tiekimo įmonės ne visada įgyvendina ilgalaikes veiklos ir plėtros programas, kurios įskaičiuojamos į vandens tiekimo ir nuotekų tvarkymo paslaugų kainas. Taigi vartotojai sumoka už vandens tiekimo įmonių ilgalaikėse veiklos programose numatytas, bet neįvykdytas investicijas.
Valstybės kontrolė rekomendavo Vyriausybei parengti teisės aktus, kuriuose būtų nustatytas privalomas vandens tiekimo ir nuotekų tvarkymo paslaugas teikiančių įmonių licencijavimas ir jų teikiamų paslaugų kainų derinimas su Valstybine kainų ir energetikos kontrolės komisija. Šiai komisijai pasiūlyta nustatyti vienodais principais pagrįstus vandentvarkai būtinų sąnaudų nustatymo ir vertinimo rodiklius.
