Bendrovė savo interneto tinklapyje atskleidė informaciją apie vidaus sandorius, kurie buvo sudaryti su jos antrinėmis bendrovėmis „Lietuvos geležinkelių tiesimo centras“, „Gelsauga“, „Geležinkelių projektavimas“, „Vilniaus lokomotyvų remonto depas“ ir „Geležinkelių aplinkosaugos centras“.
„Lietuvos geležinkelių“ pateiktoje informacijoje nurodoma, kokios buvo perkamos paslaugos, pateikiamos sutarčių sudarymo datos ir jų vertės. Informaciją apie antrinių įmonių šioms sutartis įgyvendinti samdytus subrangovus ir medžiagų tiekėjus kol kas neatkleidžiama.
Portalas 15min.lt pranešė, kad „Lietuvos geležinkeliai“ su antrinėmis įmonėmis 2011-2015 metais sudarė vidaus sandorių už 429 mln. eurų, o didelė jų dalis atiteko šių įmonių be konkursų samdytiems neatskleidžiamiems subrangovams. Be to, „Lietuvos geležinkeliai“ bendradarbiauja su Rusijos koncernu „Transmashholding“, kurio vienas akcininkų tiesiogiai susijęs su Rusijos karine pramone ir iš kurio antrinės įmonės 2012-2013 metais geležinkeliai konkurso pirko lokomotyvų už 44,92 mln. eurų.
Prezidentė Dalia Grybauskaitė ir paskirtasis premjeras Saulius Skvernelis trečiadienį teigė, kad vidaus sandorių praktikos turi būti atsisakyta, nes ji sudaro prielaidas korupcijai. Naikinti vidaus sandorius siūlo ir Viešųjų pirkimų tarnyba bei Specialiųjų tyrimų tarnyba.