Pasikeitus varžybų formatui, šį sezoną aukščiausios lygos ekipos, tarp jų ir nugalėtojų titulą ginantis Vilniaus „Žalgiris" į kovas įsijungia jau nuo trečiojo etapo. Vilniečiams iš karto teko kita lygos komanda - Kauno „Žalgiris".
Vienas trečio etapo dalyvis paaiškės rytoj po Vilniaus „Granito" ir Klaipėdos „Saremos" dvikovos.
Rungtynių šeimininkais iki finalo bus žemesnių lygų komandos, o jei lygos vienodos, šeimininkais bus pirmiau burtuose ištraukta komanda.
Visuose etapuose komandos nugalėtojas paaiškės per vienerias rungtynes, prireikus - per pratęsimą ir baudinių seriją. IV etapo (aštuntfinalio) rungtynės vyks rugpjūčio pradžioje.
2016 m. LFF taurės III etapo poros:
Vilniaus "Kruša" (III, VRFS) - Marijampolės „Švyturys" (III, MAFF)
„Kauno Žalgiris" (A) - Vilniaus „Žalgiris" (A)
Elektrėnų „Versmė" (IV, SFL B) - Klaipėdos "Koralas" (II, Vakarų)
Kėdainių „Nevėžis" (I) - Utenos „Utenis" (A)
Vilniaus "Granitas" (III, VRFS)/Klaipėdos „Sarema" (III, KLFF) - Kauno „Stumbras" (A)
Alytaus FA „Dainava" (II lyga, Pietų) - „Palanga" (I)
Plungės „Babrungas" (II lyga, Vakarų) - „Šilutė" (I )
Vilniaus „Ateitis" (II lyga, Rytų) - Klaipėdos Atlantas (A)
Kauno „Lygis" (II lyga, Pietų) - „Trakai" (A)
Radviliškio „Lokomotyvas" (I) - Gargždų „Banga" (I)
Vilniaus „Navigatoriai" (III lyga, VRFS) - Vilniaus „Rotalis" (II lyga, Rytų)
Jonavos „Lietava" (A) - Marijampolės „Sūduva" (A)
Kybartų „Sveikata" (II lyga, Pietų) - „Panevėžys" (I)
Šiaulių „Adiada" (III lyga, ŠAFF) - Šiaulių „Saulininkas" (III lyga, ŠAFF)
Marijampolės „Eurostandartas" (III lyga, MAFF) - ŠFK „Radviliškis" (II lyga, Vakarų)
Alytaus DFK „Dainava" (I) - Telšių „Džiugas" (I)
