Valstybės kontrolė įvertino, kaip naudojamos Aplinkos apsaugos rėmimo ir Savivaldybių aplinkos apsaugos rėmimo specialiosioms programoms skiriamos lėšos. Nors dėl lėšų trūkumo lėtai sprendžiamos atliekų tvarkymo, oro ir vandens taršos, nuotekų valymo, saugomų teritorijų tvarkymo problemos, tačiau iš kasmet šioms aplinkosaugos programoms skiriamų apie 55 mln. Lt apie trečdalis lėšų lieka nepanaudota.
Aplinkos ministerija, kasmet paskirstanti apie 10 mln. Lt Aplinkos apsaugos programos lėšų, iki 60 proc. šių lėšų išleidžia ministerijos ir jai pavaldžių institucijų išlaidoms apmokėti. Pasak valstybės kontrolieriaus pavaduotojos Nijolės Mickuvienės, dalis lėšų naudojama neracionaliai, nes iki šiol nenustatyti aplinkosaugos priemonių atrankos prioritetai, nepakankama lėšų paskirstymo ir naudojimo kontrolė.
Auditoriai nustatė, kad dalį aplinkosaugai skirtų lėšų Aplinkos ministerija skyrė įstatyme nenumatytoms priemonėms ir toms, kurios tiesiogiai nesusijusios su žalos gamtai mažinimu. Pavyzdžiui, 900 tūkst. Lt buvo skirta Lietuvos ekspozicijai pasaulinėje parodoje „EXPO 2010“ įrengti, 100 tūkst. Lt – Nacionalinei išmetamų į atmosferą šiltnamio efektą sukeliančių dujų apskaitos ataskaitai parengti.
Savivaldybės taip pat naudojo lėšas įstatyme nenumatytoms priemonėms. Pavyzdžiui, Elektrėnų savivaldybė lėšas naudojo transporto priemonei eksploatuoti. Mažeikių rajono savivaldybė aplinkosaugos programos lėšomis finansavo kitų asignavimų valdytojų programų priemones. Aplinkos ministerija neturi pakankamos informacijos apie savivaldybių vykdytų aplinkos apsaugos rėmimo programų priemones, panaudotas lėšas, todėl negali įsitikinti, ar visos lėšos naudojamos įstatyme numatytoms priemonėms.
Auditorių nuomone, pajamos už medžiojamųjų gyvūnų išteklių naudojimą, kurias gauna Aplinkos apsaugos rėmimo programa, galėtų būti didesnės, nes daugelyje urėdijų organizuojama profesionali medžioklė yra mažai rentabili arba nuostolinga. Dalį urėdijoms priklausiusių profesionalios medžioklės plotų perdavus kitiems naudotojams, valstybės pajamos išaugo daugiau negu dešimt kartų.
Valstybės kontrolė Aplinkos ministerijai rekomendavo padidinti teigiamą poveikį aplinkai, vykdant Aplinkos apsaugos rėmimo ir Savivaldybių aplinkos apsaugos rėmimo specialiąsias programas, užtikrinti lėšų paskirstymo viešumą, efektyvesnę lėšų naudojimo kontrolę ir išanalizuoti profesionalios medžioklės veiklos vykdymo efektyvumą ir tikslingumą visose miškų urėdijose.
